El Comité de Ejercicio Profesional tiene como objetivos: "la defensa de los intereses profesionales de los asociados y el contralor del ejercicio de las especialidades" (art. 49.
Estatuto de la Asociación Civil, Sociedad de Obstetricia y Ginecología de Buenos Aires).
Para poder cumplir con estos objetivos fueron creadas distintas subcomisiones encargadas de diseñar las estrategias que permitan alcanzar las metas propuestas.

El Comité está integrado por las siguientes Sub-comisiones.

• Honorario Profesional Ético y Condiciones de Ejercicio Profesional
• Auditoria Médica
• Mala Praxis
• Prensa y Afiliación
• Cooperativa de Insumos.
  

Cada una de estas Subcomisiones está realizando una intensa tarea dentro del marco crítico socioeconómico nacional y fundamentalmente, la preocupante situación por la que atraviesa el ejercicio profesional de la medicina.